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8.2 Harmoniser les noms

Les jeux de données de recherche utilisent souvent un texte Series Description incohérent. Harmoniser propose un nom standard à partir de l’anatomie et (pour CT/MR) du contraste — style RSNA Radiology Playbook / RadLex. Cela ne modifie pas les pixels.

Séries de démo

Fixture Chemin sous tests/controller/assets/test_dcm_files/ Ce que cela montre
CT_Head_With_Contrast CT_Head_With_Contrast Chemin CT : anatomie / contraste TotalSegmentator, invite structures cérébrales, superpositions
davidson_cxr davidson_cxr Chemin planaire XR : Xp-Bodypart + CXp-Projection-Rotation optionnels
us_rgb_single_frame us_rgb_single_frame Chemin planaire US : métadonnées DICOM uniquement (pas de TotalSegmentator)

Importez une série, ouvrez-la dans Vue des séries, puis lancez Harmoniser. Réutilisez CT_Head_With_Contrast dans 8.3 Flouter les visages.

Objectif

  1. Sur CT_Head_With_Contrast : lancez Harmoniser la description, répondez à l’invite structures cérébrales lorsqu’elle est proposée, Appliquer, puis revoyez les superpositions de segmentation sur la coupe du milieu.
  2. Sur davidson_cxr et us_rgb_single_frame : lancez Harmoniser et lisez le tableau Playbook — Source nomme le modèle ou DICOM (même idée que « anatomie TotalSegmentator » pour le CT).

Avant de commencer

  1. Terminez Configuration des Fonctions IA — pack Harmonize CT, résolution, et Structures cérébrales pour la démo CT.
  2. Optionnellement téléchargez région anatomique XR et vue thorax XR pour que la démo CXR montre la fusion pixel (sans eux, XR Harmonize encore depuis les tags DICOM).
  3. Importez les séries de démo (Rechercher) et ouvrez chacune dans Vue des séries (Vue — clic droit sur la ligne série).

Flux de travail sur CT_Head_With_Contrast

1. Harmoniser la description (depuis Vue des séries)

  1. Avec CT_Head_With_Contrast ouverte dans Vue des séries, cliquez sur Harmoniser la description.
  2. Attendez la fin de l’analyse — le tableau Harmonisation Playbook se remplit avec les preuves d’anatomie / contraste (pas un tableau vide en cours de progression).
  3. Revoyez la Series Description suggérée, puis Oui pour appliquer, ou Non / Annuler.

La Vue des séries reste derrière la boîte de dialogue pour conserver le contexte de la série ouverte.

Vue des séries avec résultats Harmoniser la description terminés

2. Invite structures cérébrales

Sur une série CT tête, Harmoniser demande s’il faut lancer la segmentation détaillée des structures cérébrales avant que le travail continue :

  1. Lisez le message Oui/Non Structures cérébrales (licence académique / modèles requis — voir Fonctions IA).
  2. Choisissez Oui pour inclure les structures cérébrales dans cette exécution, ou Non pour l’anatomie standard uniquement.

Harmoniser la description avec invite structures cérébrales

3. Vue des séries segmentée

Après avoir Accepté une exécution Harmonize qui incluait les structures cérébrales (Oui sur l’invite) :

  1. Vue des séries montre des boutons latch pour le cerveau entier plus les structures détaillées (tronc cérébral, lobes, ventricules, …) lorsque le pack sous licence a tourné.
  2. Sélectionnez toutes les structures que vous voulez revoir (y compris cerveau).
  3. Allez à la coupe du milieu pour voir les superpositions sur une frame représentative.

Vue des séries avec tous les segments cérébraux sur la coupe du milieu

Harmonize planaire (XR et US)

CR/DX, échographie et mammographie utilisent un chemin Harmonize séparé de CT/MR : pas de TotalSegmentator, pas de buckets d’épaisseur/contraste. Le tableau Playbook utilise toujours Preuve (ce qui a été mesuré) et Source (d’où cela vient).

Radiographie thoracique (davidson_cxr)

  1. Ouvrez davidson_cxr dans Vue des séries → Harmoniser la description.
  2. Lorsque les modèles XR sont installés, la Source Région anatomique est Xp-Bodypart (ou fusionnée avec DICOM) ; Vue / Rotation utilisent CXp-Projection-Rotation lorsque l’anatomie est Chest.
  3. La preuve ressemble aux lignes de classifieur CT — p. ex. Chest · 99.00% confidence — pas de jetons opaques pixel:….
  4. La rotation est analyse uniquement ; SeriesDescription reste p. ex. Chest AP / Chest Lat.

Vue des séries davidson_cxr au-dessus d’Harmonize planaire avec sources de modèles XR

Échographie (us_rgb_single_frame)

  1. Ouvrez us_rgb_single_frame dans Vue des séries → Harmoniser la description.
  2. Cohorte / région anatomique / mode viennent des tags DICOM et mots-clés ; Source est DICOM metadata ou RadLex Playbook.
  3. Aucun pack pixel XR et aucun TotalSegmentator ne s’exécutent sur US.

Vue des séries us_rgb_single_frame au-dessus d’Harmonize planaire (métadonnées uniquement)

Notes (comme en production)

  • Les scouts, MIP/VR, rapports de dose et séries similaires sont en général ignorés.
  • CT : segmentation anatomique + phase de contraste lorsque les modèles le permettent (TotalSegmentator).
  • MR : anatomie depuis les packs MR ; contraste IV depuis les en-têtes DICOM (TotalSegmentator).
  • XR (CR/DX) : Harmonize planaire ; Xp-Bodypart optionnel + vue/rotation CXp thorax uniquement (téléchargements soft).
  • US / MG : Harmonize planaire depuis DICOM uniquement — pas de TotalSegmentator et pas de packs pixel XR.
  • SC / OT / DOC : Harmonize n’est pas proposé.
  • Après que toutes les séries d’une étude sont harmonisées, la meilleure description d’étude LOINC est appliquée automatiquement (même chemin que le Traitement par lots IA). Modifiez-la plus tard depuis Jeu de données. Les études XR/US/MG pures utilisent le préfixe LOINC correspondant.
  • Dans Jeu de données, double-cliquez une description d’étude ou de série (ou multi-sélectionnez et clic droit pour Définir la description) pour choisir des noms LOINC (étude) ou RadLex (série) — y compris pour les lignes pas encore vertes. Un clic simple sélectionne seulement la ligne.
  • Les résultats sont mis en cache sous le dossier de la série — Vider le cache d'analyse pour une exécution CT/MR fraîche.
  • Lots : 8.4 Exécuter sur plusieurs études (la résolution vient des Fonctions IA, pas par lot).

Ce qui indique que tout va bien

  • CT : SeriesDescription paraît cohérente pour ce CT tête ; Harmonisé du Jeu de données se met à jour ; après Oui cerveau, les superpositions latch se dessinent sur la coupe du milieu.
  • CXR : Source Playbook nomme Xp-Bodypart / CXp-Projection-Rotation (ou DICOM) avec une preuve de confiance lisible.
  • US : les lignes Playbook citent DICOM metadata / RadLex Playbook ; le nom suggéré correspond à l’anatomie/mode échographique.

En cas d’échec

  • Série non adaptée → ignore attendu.
  • Déjà harmonisé → Vider le cache d'analyse pour relancer.
  • Modèles pas prêts → Fonctions IA.

Prochaines étapes

Continuez avec 8.3 Flouter les visages sur la même série CT_Head_With_Contrast (Gaussien).